市場企画本部
市場企画グループ
新商品の上場，制度改正に係る企画立案・関係機関との折衝に関する業務を行っています。
東京マーケティンググループ・大阪マーケティンググループ
国内外の情報収集・マーケティング業務や，上場を目指す会社へのプロモーション活動，相談業務及び上場会社へのIRサポート業務，セミナー，イベント等を開催しています。
市場運営本部
大阪取引管理グループ
株券及び債券等の売買や，先物・オプションといったデリバティブ取引の監視業務を行っています。また，信用取引に関する調査，規制，貸借銘柄の選定等に関する業務を行っています。
清算・決済管理グループ
デリバティブ取引に係る決済・清算業務や，大証に上場する先物・オプション取引についての証拠金の計算，預託及び管理を行っています。
また，証券会社の取引状況や将来予想される損失額のモニタリングを行っています。
自主規制本部
自主規制総務グループ
検査，売買審査，上場審査，上場管理といった自主規制に関する業務のとりまとめ，企画立案等を行っています。
参加者監理グループ
大証の取引参加者となるための資格審査業務，取引参加者の経営・財務状況の管理業務のほか，取引参加者の法令所規則の遵守状況や営業・財務の状況等を検査し，適切な指導を行っています。
東京上場グループ・大阪上場グループ
企業が新規上場する際の企業経営の健全性や開示の適正性等の上場審査及び上場会社の会社情報の適時適切な開示の実効性を確保するための上場管理を行っています。
取引審査グループ
大証でのインサイダー取引・相場操縦・特定委託者等の不公正な売買が行われていないかの売買審査を行っています。
システム本部
システム統括グループ
システム開発の企画立案や現行システムの増強，改造，保守，バックアップセンター構築など，多岐に渡るシステム案件を戦略的・一体的に推進を行っています。
システム管理グループ
売買システム，清算システム及び情報系システム等の運用管理を行っています。
ジャスダック本部
上場サポートグループ
JASDAQ市場への上場を目指す会社や関係機関へのプロモーション活動及び上場会社へのIR支援サービスや説明会の開催，投資家向けセミナーの開催，全国を対象とした地域交流を目的としたイベントの運営等を行っております。
上場サービス開発グループ
上場会社や投資者等，市場を取り巻くステークホルダーズに向けた各種新サービスの企画立案・運営を行っています。
東京取引管理グループ
国内最大の新興市場であるJASDAQ市場について，株券及び債券等の売買の監視業務を行っています。また，信用取引に関する調査，規制，貸借銘柄の選定等に関する業務を行っています。
経営管理本部
経営企画グループ
経営計画の策定，計画の執行管理，本部横断課題の調整を行います。また，大証の代表窓口として，一般投資家やマスコミ等からの問い合わせ対応や，見学者の案内，イベント開催や印刷物の配布を通じた大証のPRを行います。その他，IR業務，過去の株価等に関するデータの提供や，大証の各種データの管理，「日報」，「統計月報」，「統計年報」等の作成を行っています。
総務グループ
大証の組織全体に関する事務を行う部署です。法務に関する業務や株式事務，取締役会等の事務局として役割を担っています。その他各種証明書の発行，刊行物の販売の窓口になっています。
人事グループ
職員の採用・異動に関する業務や，人事制度等の企画，職員の教育研修に関する業務を行っています。また，労務管理の企画・調査に関する業務や福利厚生及び給与に関する業務等を行っています。
財務グループ
大証の予算や決算に関する業務（資金，資本，利益計画の策定及び実績の管理）や財産の運用に関する業務を行っています。大証の施設，設備等の固定資産の総合的な管理を行っています。
考査室
各本部・グループにおける事務の運営が適法かつ適切に行われているかどうかを監査し，独自の立場から評価を行っています。
